Il obtient sa charte d’organisme privé sans but lucratif. Le conseil d’administration est composé de membres d’ordres professionnels, d’organismes du domaine de la défense des droits et des représentants d’associations d’établissements et d’organismes du secteur de la santé et des services sociaux. Le CQA est neutre et indépendant.
Les phases de développement et d’expérimentation des normes ont été réalisées entre 1990 et 1995 de telle sorte que les premiers CLSC ont amorcé leur démarche d’agrément en avril 1996, sur une base volontaire. Au même moment, le CQA développait de nouveaux programmes d’agrément pour les missions de réadaptation, jeunesse et CHSLD.
Le CQA se voit confier par le MSSS le mandat de procéder aux visites de vérification de conformité des résidences privées pour aînés (RPA).
Implantation du modèle d’agrément « Gestion intégrée de la qualité (GIQ) ».
Le CQA se voit confier par le MSSS le mandat d’exécuter les visites d’évaluation de conformité et d'effectuer le suivi des recommandations pour les ressources qui offrent de l’hébergement en toxicomanie ou en jeu pathologique (RHTJP).
Engagement du CQA dans l’agrément des centres médicaux spécialisés (CMS) et des laboratoires d'imagerie médicale (LIM).
Pour une seconde fois, les normes d’agrément du CQA sont agréées par l’International Society for Quality Health Care (ISQua).
Édition de la version 4 du modèle « Gestion intégrée de la qualité (GIQ) ».
Le CQA est le fournisseur de services d’agrément pour les établissements du Québec (Centre intégré de santé et de services sociaux (CISSS), Centre intégré universitaire de santé et de services sociaux (CIUSSS), les établissements non fusionnés et les établissements non couverts par la Loi). Le contrat obtenu par le CQA est d’une durée de dix ans.